日本制度可分为永久减免和临时减免。适用永久减免的商品范围比较明确，在基本税率表中都已列明。适用临时减免关税的商品范围需根据国内外经济形势和国内生产情况，在每个财政年度修改税率时确定。日本的关税减免制度还可分为无条件减免（在货物进口时就免除纳税义务）和有件减免（货物进口后继续负有一定纳税义务）。无条件减免指货物如果属减免税项目即可减免税。有条件减免指根据有关法律法规，确定了适用减免税的各种条件，如对进口商进行限制，对减免税程序、进口用途、进口批件等做出规定。
日本关税减免主要有以下情况：
(1)与生活有关的物资实行减免税。如为了稳定市场价格，对大米、小麦等主要粮食，猪肉和食糖暂时减免关税；对食品、服装用品及其它与国民生活密切相关的货物，当进口价格上涨时，为保持国民生活稳定，在形势确属紧急且增加进口不会对国内有关产业造成损害时，对该类商品减免关税。
(2)对原子能、飞机、宇宙和海洋研究所需物品实行免税。
(3)对低硫燃料油和生产用原油实行减税。
(4)对进口用于防止公害的机器设备实行免税。
(5)对委托国外加工后返销的商品实行减税。为扩大同邻国的贸易日本规定对出料加工1年内返销国内的电冰箱、彩电等24种商品减征关税。
日本《关税法》对退税制度做出了规定，当具备法律规定的一定条件时对进口货物所征收的关税可全部或部分退还税款缴纳人。现行退税制度主要适用于质量受损的进口货物制造出口货物所需的进口原料以及某些特殊的货物。此外，日本海关还采用一种关税偿还制度与退税制度相似所不同的是所退款项不必偿还给纳税人本人而是退给法律指定人。
